《环境行政处罚办法》已由环境保护部2009年第三次部务会议于2009年12月30日修订通过。修订后的《环境行政处罚办法》于2010年1月19日以第8号环保部令公布，自2010年3月1日起施行。1999年8月6日原国家环境保护总局发布的《环境保护行政处罚办法》同时废止。

已经实施了10年的《环境保护行政处罚办法》，修订后名称变更为《环境行政处罚办法》。在立法目的、制度设计、执法形式和监督形式上都有一些突破。修订后的《办法》突出了以人为本。在制度设计上，突出环保特色；在执法形式上，兼顾了处罚违法与纠正违法，更加强调执法效果。

按照原国家环保总局在1999年7月发布的《环境保护行政处罚办法》规定，对同一环境违法行为，环保部门不得给予两次以上罚款的行政处罚。

修订后的《办法》在执法形式和监督形式上都有一些突破。按照新《办法》规定，在一个违法行为同时违反两个以上条款、超标排污拒不改正等继续性和连续性违法行为出现时，“责令改正期限届满，当事人未按要求改正，违法行为仍处于继续或者连续状态的，可以认定为新的环境违法行为。”既然新《办法》规定可以认定为新的环境违法行为，那么就可以按照现有法律法规规定进行新的处罚。目前新《办法》的规定仍然是尝试性的规定，但它实际上是比原《办法》的处罚严厉了许多。

同时，新《办法》明确规定，当事人的一个违法行为同时违反两个以上环境法律、法规或者规章条款，应当适用效力等级较高的法律、法规或者规章；效力等级相同的，可以适用处罚较重的条款。

修订后的《办法》在保护当事人合法权益方面，突出了以当事人为本，在依法惩罚违法行为人的同时，也注重保护当事人的合法权益。